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1999年1月に被害者の女子大生 (A) が、友人と二人で遊びに来ていたゲームセンターで加害者の男 (B) と知り合い、やがて交際が始まったが、BはAに偽名を使ったうえに年齢も3歳サバを読み、職業も外車ディーラーと偽ったが、実際は兄(C　本業は消防士)と共同で風俗店を経営していた。

しかし、2月から3月にかけてそれらの嘘は露呈。他にも、

一方的に高価なプレゼント（数十万円もするバッグや洋服）を贈り、Aが、「こんな高いものは受け取れない」と拒絶すると暴力を振るう。
30分おきに携帯電話に連絡するなどAの行動を監視し、「今、犬の散歩をしている」と答えると、「俺（B）を放っておいて犬の散歩とはどういうことだ？その犬を殺すぞ!!」と脅す。
携帯電話に出ないと、番号を教えていないはずのAの自宅や、友人にまで電話をかけてくる。

などの異常な行動を見せたBに対して、恐怖心や不信感を抱いたAは別れ話を切り出すが、Bは、「お前は2000年を迎えられない」「父親をリストラさせてやる」「家族をめちゃくちゃにしてやる」などと、A本人はおろか、家族にも危害を加える旨の脅迫をし、交際の続行を強要。それ以降、ストーカー行為が始まる。

この頃からAは身の危険を感じ、遺書を用意したり、周囲の友人に、「私は殺されるかも知れない」「（もし私が殺されたら）犯人は絶対にB」と話すなどしていたが、ストーカー行為に耐え、恐怖と闘いながら、殺害される10月まで大学に通い続けた。

6月14日、BとCらが上尾市内のAの自宅に押しかけ、Aを脅迫し、現金500万円を要求するも、父親に追い返される。

6月15日、Aと両親が、BとCの脅迫をした内容を秘密録音していたテープを、管轄する埼玉県警上尾署に持ち込み、被害の相談をする。しかし「民事不介入」を理由に、上尾署は全く取り合わなかった。これ以降、Aの家に頻繁に無言電話がかかってくるようになる。また同日、CがD（Bが経営する風俗店の雇われ店長） に、Aの殺害を依頼する。

7月13日、Aの自宅周辺と学校・父親の勤務先に、約300枚の、事実無根の誹謗中傷のビラが貼られる。

7月29日、Aが犯人を名誉毀損で上尾署に告訴。署員は訴状を受け取るも、「（ビラに対して）これはいい紙を使っていますね。」「試験（ちょうどAの通う大学の試験期間であった）が終わってからでもいいのでは？」など、いい加減な対応に終始。

8月23日・24日、Aの父親の勤務先などに、約800通もの、事実無根の誹謗中傷の手紙が届く。

9月7日、上尾署員が告訴状を被害届に改竄。9月21日、上尾署員がAの母親に対して、「一度取り下げても、もう一度告訴はできますから」と嘘をつき（告訴状を一度でも取り下げたら、同じ内容で再び告訴することはできない）、告訴取り下げを要請する。

10月16日、深夜、Aの自宅前に大音響を鳴らした車2台が現れる。

10月26日、Dらは午前9時からAの家前でAの行動を見張り、12時に家を出て、大学に向かう電車に乗るために桶川駅へやってきたAをナイフで刺して殺害。逃亡した。

同日、上尾署に捜査本部が設置されたが、記者会見にて事件当時のAの服装や所持品について「ブランド物のバッグ」「厚底ブーツ」「黒いミニスカート」など、報道陣に対して意図的に詳しく説明した。これ以降、各報道関係者から、被害者であるAにも非があると受け取れる報道がしばらく続くことになる。

1999年11月、写真週刊誌「フォーカス」に事件の記事が掲載される。内容は被害者Aではなくストーカーグループの異常さを浮き彫りにした記事だった。この後もフォーカス誌独自の立場で継続的に事件を扱う。

12月、フォーカス誌の清水潔が独自に殺害犯人グループを特定し、その写真をフォーカス誌に掲載する。12月19日、フォーカス誌から情報を得た埼玉県警察は、Dを逮捕し、翌20日、Cを含むA殺害に関わった3人を殺人容疑で逮捕。しかし事件の全容を知る立場のBは逃亡する。

2000年1月16日、埼玉県警察は殺害実行犯を含む中傷に関わった12名を名誉棄損容疑で逮捕し、Bを指名手配する。清水潔記者はBを追って北海道へ向かう。

1月27日、Bの死体が北海道の屈斜路湖で発見される。遺書があったことから自殺と判断された。遺書は自身の両親宛で、保険会社から死亡保険金を受け取るよう書かれていた。Aやその家族に対する反省、謝罪の言葉は書かれていなかった。

2000年1月、フォーカス誌にて埼玉県警上尾署の怠慢な捜査体制、告訴状取り下げの要請などが記事になる。3月7日、事件が国会で取り上げられ、議員が警察の捜査怠慢を追及した。3月4日にはテレビ朝日『ザ・スクープ』で事件が放送される（フォーカス誌を読んだ鳥越俊太郎が取材）。

4月6日に埼玉県警は「調書改ざん」や「捜査放置」を認め謝罪し、署員の処分を決定した。

署員3名 - 懲戒免職
埼玉県警本部長 - 減給10%・1カ月
県警本部刑事部長 - 減給5%・1カ月
上尾署長 - 減給10%・2カ月
上尾署刑事生活安全担当次長 - 減給10%・4カ月
上尾署刑事生活安全担当次長 - 減給10%・1カ月

9月7日、告訴状の改ざんに関わっていた元署員3名が虚偽有印公文書作成容疑で執行猶予3年の懲役刑の有罪判決を受けた。

2000年12月22日、遺族が埼玉県（埼玉県警）に国家賠償請求訴訟を起こす。裁判になると一転、埼玉県警は「この事件はストーカー事件ではない」、「単なる男女の痴話げんか」、「Aの遺書は若い女性特有の空想」などと反論した。

2003年2月13日、埼玉県警察署協議会代表者会議での席上、県警本部長が「殺人事件の予見可能性は持ちようがなかった」「3年前に非を認めたのは警察庁の指導があったから」「原告もあまり金を取れないと、多額の賠償金が取れると思ったのにこれでは話が違う、高裁に控訴しよう、となるのではないか」などと発言し非難を浴びる。

2003年2月16日、埼玉県（埼玉県警）に対する国家賠償請求訴訟の判決で、さいたま地裁は、名誉毀損罪の捜査について怠慢であったことを認め計550万円の支払いを命じたが、「捜査と殺害の因果関係」は否定した。遺族は翌日控訴し、その後埼玉県（埼玉県警）側も控訴した。

2005年1月26日、埼玉県（埼玉県警）に対する国家賠償請求訴訟の判決で、東京高裁は1審・さいたま地裁の判決を支持し双方の控訴を棄却。2006年8月30日、最高裁第2小法廷は埼玉県（埼玉県警）の上告を棄却。これにより2審の判決が確定した。

2000年10月7日、埼玉県警警視の住むマンションの玄関扉外側から出火。県警は別の脅迫容疑で逮捕されていた巡査部長を放火容疑で再逮捕した。警視は桶川事件当時の上尾署刑事生活安全担当次長で、告訴取り下げや告訴状改竄を直接、間接に指示し得る立場にあった人物である。また逮捕された巡査部長は桶川事件当時上尾署の刑事であり、さらに最初の逮捕容疑となった脅迫事件の被害者も当時の上尾署員だった。容疑者は刑事から交番勤務に左遷されていたことから、恨みによる犯行とされた。一方で容疑者は、桶川事件では最初に被害者の女子大生に応対し、相談内容の深刻さに同情して当初は熱心に話を聞いてくれていたという。容疑者は有罪判決を受け服役中に自殺した。またこの放火事件への対処に不信感を表明した別の刑事ものちに自殺している

1999年1月に被害者の女子大生 (A) が、友人と二人で遊びに来ていたゲームセンターで加害者の男 (B) と知り合い、やがて交際が始まったが、BはAに偽名を使ったうえに年齢も3歳サバを読み、職業も外車ディーラーと偽ったが、実際は兄(C　本業は消防士)と共同で風俗店を経営していた。

しかし、2月から3月にかけてそれらの嘘は露呈。他にも、

一方的に高価なプレゼント（数十万円もするバッグや洋服）を贈り、Aが、「こんな高いものは受け取れない」と拒絶すると暴力を振るう。
30分おきに携帯電話に連絡するなどAの行動を監視し、「今、犬の散歩をしている」と答えると、「俺（B）を放っておいて犬の散歩とはどういうことだ？その犬を殺すぞ!!」と脅す。
携帯電話に出ないと、番号を教えていないはずのAの自宅や、友人にまで電話をかけてくる。

などの異常な行動を見せたBに対して、恐怖心や不信感を抱いたAは別れ話を切り出すが、Bは、「お前は2000年を迎えられない」「父親をリストラさせてやる」「家族をめちゃくちゃにしてやる」などと、A本人はおろか、家族にも危害を加える旨の脅迫をし、交際の続行を強要。それ以降、ストーカー行為が始まる。

この頃からAは身の危険を感じ、遺書を用意したり、周囲の友人に、「私は殺されるかも知れない」「（もし私が殺されたら）犯人は絶対にB」と話すなどしていたが、ストーカー行為に耐え、恐怖と闘いながら、殺害される10月まで大学に通い続けた。

6月14日、BとCらが上尾市内のAの自宅に押しかけ、Aを脅迫し、現金500万円を要求するも、父親に追い返される。

6月15日、Aと両親が、BとCの脅迫をした内容を秘密録音していたテープを、管轄する埼玉県警上尾署に持ち込み、被害の相談をする。しかし「民事不介入」を理由に、上尾署は全く取り合わなかった。これ以降、Aの家に頻繁に無言電話がかかってくるようになる。また同日、CがD（Bが経営する風俗店の雇われ店長） に、Aの殺害を依頼する。

7月13日、Aの自宅周辺と学校・父親の勤務先に、約300枚の、事実無根の誹謗中傷のビラが貼られる。

7月29日、Aが犯人を名誉毀損で上尾署に告訴。署員は訴状を受け取るも、「（ビラに対して）これはいい紙を使っていますね。」「試験（ちょうどAの通う大学の試験期間であった）が終わってからでもいいのでは？」など、いい加減な対応に終始。

8月23日・24日、Aの父親の勤務先などに、約800通もの、事実無根の誹謗中傷の手紙が届く。

9月7日、上尾署員が告訴状を被害届に改竄。9月21日、上尾署員がAの母親に対して、「一度取り下げても、もう一度告訴はできますから」と嘘をつき（告訴状を一度でも取り下げたら、同じ内容で再び告訴することはできない）、告訴取り下げを要請する。

10月16日、深夜、Aの自宅前に大音響を鳴らした車2台が現れる。

10月26日、Dらは午前9時からAの家前でAの行動を見張り、12時に家を出て、大学に向かう電車に乗るために桶川駅へやってきたAをナイフで刺して殺害。逃亡した。

同日、上尾署に捜査本部が設置されたが、記者会見にて事件当時のAの服装や所持品について「ブランド物のバッグ」「厚底ブーツ」「黒いミニスカート」など、報道陣に対して意図的に詳しく説明した。これ以降、各報道関係者から、被害者であるAにも非があると受け取れる報道がしばらく続くことになる。

1999年11月、写真週刊誌「フォーカス」に事件の記事が掲載される。内容は被害者Aではなくストーカーグループの異常さを浮き彫りにした記事だった。この後もフォーカス誌独自の立場で継続的に事件を扱う。

12月、フォーカス誌の清水潔が独自に殺害犯人グループを特定し、その写真をフォーカス誌に掲載する。12月19日、フォーカス誌から情報を得た埼玉県警察は、Dを逮捕し、翌20日、Cを含むA殺害に関わった3人を殺人容疑で逮捕。しかし事件の全容を知る立場のBは逃亡する。

2000年1月16日、埼玉県警察は殺害実行犯を含む中傷に関わった12名を名誉棄損容疑で逮捕し、Bを指名手配する。清水潔記者はBを追って北海道へ向かう。

1月27日、Bの死体が北海道の屈斜路湖で発見される。遺書があったことから自殺と判断された。遺書は自身の両親宛で、保険会社から死亡保険金を受け取るよう書かれていた。Aやその家族に対する反省、謝罪の言葉は書かれていなかった。